Подскажите, если в Казастане уже больше 90 дней, и на руках РВП по трудовому, когда буду выезжать из Казахстана, пограничники увидят, что больше 90 дней был в КЗ и потребуют основания просрочки - РВП?

Они видят у себя в базе ваш РВП. Но возьмите на всякий случай и печатный вариант.

Два дня назад был в такой ситуации. Пограничница спросила дату въезда и стала кому-то звонить. Я понял в чём дело и сам сказал, что у меня РВП по работе, назвал до какой даты и когда выдано, показал на телефоне (лучше было бы на бумаге). Она ещё подумала и поставила штамп на выезд.