если есть два паспорта КР, и РФ. Вы когда в Россию въезжать, по какому паспорту?

Руководствуйтесь правилом: на границе государства предьявляйте паспорт этого государства. Выезжаете из КР в РФ? Например в аэропорту Манас показываете паспорт КР. По прибытию в РФ на контроле показываете паспорт РФ. Летите из РФ в КР? В аэропорту РФ показываете паспорт РФ. По прилёту, на территории КР показываете паспорт КР.