Подскажите пожалуйста, если для эвалюации загрузила 2 диплома из разных ВУЗов , но смогу эвалюировать только один, ничего, что второй просто будет висеть в личном кабинете wes?

Скорее всего WES не станет эвалюировать один диплом без второго и они будут ждать документы от вас, поэтому лучше напишите им через форму на сайте и попросите удалить данные того диплома, который вы не будете эвалюировать.