Если 2 пересадки и 2 разные авиакомпании , но одно бронирование , будет считаться этот перелет на Кипр транзитным?

А цель-то какая? Если один PNR (шесть-восемь буквоцифр), то это одно бронирование и обычно за транзит считается. Но может быть транзит с обязательным выходом в город, например, тогда для виз обычно неважно. Если в аэропорту нет транзитной зоны, например. Или есть, но пересадка ночная, а транзит на ночь закрывается (в Европе очень популярно). Или если один рейс международный, а другой внутренний — тогда иногда надо получать багаж и сдавать ещё раз.

@Egor: Спасибо)