возвращаться из Риги в СПб на автобусах легально? Через Эстонию скорее всего

Если вы в зоне шенгена по всему шенгену перемещаться легально и из любой страны выехать в РФ легально.

Если Вы посмотрите, как сформулированы ограничения, то там имеется в виду именно въезд через внешние границы Шенгенской зоны. А, если человек уже в Шенгенской зоне, то он имеет полное право свободно по ней перемещаться. Ну и на пути из Шенгенской зоны в Россию Вас точно никто не посмеет задерживать или останавливать - что называется, только свалите!