Подскажите , если лететь в грузию транзитом через Баку , Сертификат требуют , если конечная страна не требует?

Не просили.

Месяц назад, Москва-Баку-Тбилиси, если речь об этом, ничего не требовали.

Несколько недель назад прилетела таким транзитом Если ваш билет не подразумевает выдачу багажа и повторную регистрацию, то вам не нужен сертификат.