Можно ли как-то снять AD12 при попытке подачи заявления на временную регистрацию нерезиденту? Если нет, есть ли вариант без собственника податься на временную регистрацию в ЦОНе? Можно ли получить РВП без временной регистрации?

Вам вообще не нужна данная опция, это только для граждан. Для РВП узнавайте в своем ЦОНе в каком виде требуется согласие собственника: присутствие, договор аренды, нотариальное согласие или просто его данные. Или подавайте онлайн, но много сбоев.