Подскажите, пожалуйста. Летим с визами в Израиль, сняли жильё на букинге на 3 недели, там написано, если гражданин Израиля, то плюс налог 17 процентов Нам надо его платить сразу или когда паспорта получим?

Зачем вам его платить? При регистрации покажите паспорта, если не скажут платить - не платите.

На месяц снял посуточное жилье через букинг, оплатил иностранной картой, никто ни копейки с меня больше не взял, никому нет дела до каких-то налогов дополнительных.

Сразу не надо. У вас виза репатрианта.