живу на южном Кипре (есть виза /карточка супруги киприота).Хочу полететь в Казахстан с северно части, и вернуться обратное через северную часть. Какие риски ? Будут ли потом последствия при подаче на паспорт?

Могут быть далеко идущие последствия, вплоть до бана на въезд.

Конечно будут. Зачем портить себе портфолио кипрского туриста/киприота и визовую историю, это два совсем разных государства! Надеюсь вы знаете, что в Турции настоящий признанный всем миром Кипр называют Южным Кипром!? То есть совсем другим государством!