Я могу пересечь границу с Киргизией, вернуться и после этого снова могу пребывать 30 дней в Казахстане? Или могу вернуться только через 90 дней?

90 дней, выезд, обнуление срока, снова 90 дней.

Можно находиться 90 дней в период 180 дней. Ваше право выезжать и обратно заезжать сколько угодно раз. Если планируете более 90 дней, то надо оформить заранее РВП, например.