По истечении 90дней выехал в Кыргызстан, а назад в Казахстан погранцы не пускают. Ну мало ли какая причина может быть. Гипотетически.

Не по истечение 90 дней, а до истечения 90 дней. Вопрос вы не написали, но в Казахстан вас обратно могут не впустить, например, если вас перед этим судили и присудили запрет на въезд.

Сдается мне транзитом проехать можно (но это не точно)