При поездке из Черногории в Сербию поездом ставят штампы о пересечении границы в пасопрта?

Если вы на визаран, то вам нужен только черногорский штамп при обратном въезде. На наличие остальных внимание можно не обращать. Если вообще уезжаете в Сербию, то сербский на въезд отслеживайте, там тоже надо будет регистрироваться.

Поездом не ездил, ездил автобусом. Не думаю, что различия есть. Все штампы ставят.