Подскажите, если после визарана из Казахстана срок прошел и уведомление не сделал в первые 3 рабочих дня, то что будет на границе если, например, пересекать ее на 89 день?

По идее ничего не будет, но люди там всякие бывают на границе...

Пограничники не видят наличие/отсутствие уведомления, они увидят если вы нарушите право на пребывание более 90 дней, тогда будет адм. ответственность. на 89 день вы ничего не нарушаете.

Уведомление после визарана нужно для того, если остановит полиция, то показать это уведомление, что новый срок пребывания в КЗ идёт от последнего пересечения границы.