Подскажите пожалуйста, могу ли я вылететь из Минска в Баку по загран паспорту РФ, если я в Минск приехал по внутреннему паспорту РФ?

У Беларуси и РФ единое таможенное пространство, границы для граждан РФ и Беларуси нет, вы можете ездить по внутреннему паспорту, а в Баку вам только по заграну. Не вижу проблемы.