В Турции пребываю уже 3 месяца, после истечение этих 90 дней в Турции, и я не успела подать на внж. У меня дополнительно есть дни для подачи документы на внж после истечения 3-х месяцев ?

Кажется 90 дней предостаточно, но увы какие могут быть еще дни, уже просрочка.

Если до окончания срока подать на внж в компьютере, до рассмотрения заявки. Вы легально находитесь на территории Турции.