Подскажите пожалуйста, если пробыл на Кипре по шенгену 90 дней, то можно в РФ получить нацвизу и приехать через месяц еще на какой-то срок? Назначен аппоинтмент на 14 февраля, нужно въехать 27 января, а дни по шенгену выбраны уже.

Нет. Надо было выехать до выбора всех дней.

Правило 90/180 почитайте. Через 3 месяца сможете приехать на Кипр.

На официальном сайте посольства Кипра есть калькулятор, там внесите все въезды и выезды и вам покажет, с какой даты вам разрешено находиться на Кипре и количество дней.