Лечу на Бали из Москвы, по российскому паспорту, билеты на российский паспорт, а прививки все оформлены в Украине, на Украинский паспорт.

2 дня назад в эмиратах так же выходил в город Ставили штамп в паспорте (паспорт РФ) но сертификат показать не просили. На выходе и на входе смотрели только паспорт и посадочный.

Вы можете показать при посадке (а именно при посадке вакцинацию проверяют тщательно) оба паспорта. Но, в этом опыта не имею. У вас оба рейса эмирейтс или первый флайдубай? Я в Эмиратах ночевала, когда летела на Бали и точно знаю, что не нужно там проходить регистрацию и у вас ничего не будут проверять. Вы проходите по посадочному, который получите в первом пункте вылета. Я просто приложила посадочный к валидатору.