Есть ли инструкция как и где уведомить таможню о том, что твое транспортное средство остаётся на 2-3 недели в Турции?

Если только въехали, ничего делать не надо. На границе уже все поставили, обычно 90 дней.

Если выезжать самому , то в марине в Фетхие таможня, или в аэропорту таможня. Заявление заполнить, получить печать и сделать фото, если копию не отдадут.