Можно Сингапур посетить (3-4 дня) из Малайзии на автобусе или хоть на самолёте, но возвращаяясь обратно в Малайзию? С Российским заграном конечно.

С визой можно. Транзит нет.

Транзит виза только самолетом, когда прилетели не впускали пока билет на самолёт не показали, был только билет на автобус.

Вам дали не правильную информацию, вы можете посетить Сингапур с российским паспортом, если у вас будет куплен билет транзитом через Сингапур, в Сингапуре вы можете находиться 96 часов. Сингапур не может быть конечным пунктом, только транзит. Например Москва-Сингапур-Бангкок или Москва-Сингапур-Куала-Лумпур.