Прилетаем в Манилу из Денпасара, далее планирую на Боракай. Сколько времени заложить на пересадку? Это же разные терминалы?

Не меньше 3 часов. Лучше 4. Очереди часто и рейсы прилёта иногда задерживаются. Но насчёт разных терминалов - проверяйте билеты, это не всегда так. Если в билете не нашли терминал, можно загуглить номер рейса, увидите.