Подскажите, если я въезжаю 25 декабря в Хорватию по шенгену, у меня с этого дня будут вычитываться дни или с 1 января?

25-31.12 идут в зачет хорватского счётчика, с 1.1 — шенгенского.

Судя по тому, как здесь написали, с 25.12 по 31.12 - пребывание в Хорватии, а с 01.01 - пребывание в Шенгенской зоне, в не зависимости от визы, по которой осуществляется въезд.