Подскажите пожалуйста, если я пересёк границу РФ-КЗ вне пункта пропуска, будут ли у меня проблемы при вылете из Казахстана с чистым паспортом? .

Будут, проверят штамп когда въехал и будут задавать вопросы, выпишут штраф.

Да, будут искать как Вы перешли границу при въезде.

Депорт и штраф.

У вас должна быть печать в паспорте о прохождении границы, если ее нет то будут проблемы. Тем более вся информация фиксируется в общей базе и при прохождения таможни из РК обязательно увидят что вы не проходили через КПП.