Подскажите по загранпаспорту РФ можно счет открыть в банках Баку?

Если именно счёт, а не карту, то да, можно. Наверно не все согласятся. Для переводов рублей точно откроет вам счёт местный ВТБ. А если планируете переводить на счёт в usd или eur, то лучше в Республике.