Если прилет в хургаду чартером, а вылет из каира регулярным рейсом - проблемы будут? Влетаем чартером, вылетаем регуляркой - можно так?

Если ты визовый режим не нарушил, проблем не должно быть. ты банально можешь пропустить выезд из отеля и без тебя улетят, потом самостоятельно улетаешь регуляркой.

Да, так можно. Наоборот нельзя.