Подскажите пожалуйста: если регистрируешь в Португалии ИП в конце года, льготный период по налогообложению (год), исчисляется с момента регистрации, или по календарю?

По календарю.

Льготный период будет относиться к первому году отчетности. Я так понимаю вы про 50% льготы на irs для ИП говорите. Если ваша первая налоговая декларация будет за 2022 год, то льгота к этому году припишется, а в 2023 льгота 25%. Это только если у вас больше никаких других доходов нет.