Если мне нужно выехать на 3 недели в Казахстан в консульство и сдать загранник РФ, могу ли я по нему вернуться в Бишкек пока делается виза, а потом по внутреннему вернуться снова в Казахстан?

Как вы по нему въедете если сдадите его.

По внутреннему паспорту можете спокойно выехать и въехать в КЗ и КГ.

Если вы в Кыргызстан прилетали, а не с Казахстана приезжали, то просто заезжайте в Казахстан по внутреннему и так же выезжайте.