Читал неоднократно, что люди модифицировали свои визы ( Визу Д и студенческую визу) в аутономо и на основании этого продолжали жить в Испании.

Да, такое возможно, по сути любой статус можно менять и модифицировать. Когда заканчивается студ виза, к примеру,(2 месяца до) идете в миграционку и говорите, что теперь хотите жить в другом статусе, к примеру, по рабочей визе или но лукративо, и несете все необходимые доки. Вот и все.