Если у меня рейс из СПб в Денпасар со стыковкой в Дубаи, то нужно забирать багаж на стыковке?? Или его перенесут в другой самолёт? Авиакомпания Эмирейтс.

Перенесут сразу.

Багаж регистрируют до конечной точки, в вашем случае до Бали. Если вы сами попросите зарегистрировать только до Дубая, то это возможно.

Мы летели тоже эмирейтс с пересадкой в Дубае, забирали уже в Денпасар.

Не надо получать.