Скажите, пожалуйста, если не сделать в первые три дня ИИН, какой потом штраф будет?

Штрафа не будет, это добровольно.

Иин вообще никак не влияет на нахождение КЗ в 90 дней, нужно делать уведомления о прибытие.

ИИН можно вообще не делать, нужно уведомление сделать, чтобы иметь возможность остаться до 90 дней. В противном случае - через 30 дней нужно будет уехать из страны. о.

В три дня необходимо сделать не иин, а уведомление о прибытии.