Подскажите, пожалуйста, если брать билет на поезд, то в чем разница Алматы(1) и Алматы(2)?

Это просто 2 вокзала в Алмате.

В городе два жд вокзала, на карте можно посмотреть их местоположение.

Алматы1 это нижняя часть города, Алматы 2 центральная. В вашем случае без разницы.

Если купите билет до Алматы-2, то съэкономите деньги на такси. Этот вокзал ближе к старому центру города.

Алматы-1 - это далеко от центра, нижняя часть города. Алматы-2 - это к центру ближе, почти центр.