после уведомления нужно ещё регистрацию делать, чтобы остаться на 90 дней? Или уведомление и регистрация одно и тоже?

Нет никакой регистрации! отменена 100 лет назад. «6. Разрешенный срок пребывания иммигрантов в Республике Казахстан заканчивается: для иммигрантов, прибывших в Республику Казахстан в порядке, не требующем получения визы, – по истечении тридцати календарных дней со дня пересечения Государственной границы Республики Казахстан; для граждан государств-участников Евразийского экономического союза – по истечении девяноста календарных дней со дня пересечения Государственной границы Республики Казахстан; «9. Учет иммигрантов осуществляется органами внутренних дел на основании информации принимающих лиц, а также Комитета национальной безопасности Республики Казахстан, поступающей из пунктов пропуска через Государственную границу Республики Казахстан. Принимающие лица информируют органы внутренних дел о пребывающих у них иммигрантах в течение трех рабочих дней со дня их прибытия.