Для Греции какие-нибудь ПЦРы нужны? И как это проходит, когда пересадка у одной и той же компании?

Нет, никаких пцр) чемоданы летят ваши сразу до мадрида, забирать их только в Испании уже. Паспортный контроль проходите в Афинах, дальше без регистрации идёте к b gates и там проходите досмотр вещей) и все))