Человек третьей страны работает в Германии, имеет внж, отправляется в длительную командировку на более чем 90 дней в Испанию, Францию, Финляндию и т д и каждый раз оформляет в новой стране внж? Получается так.

Если отсутствовать в Германии более 90 дней и это заметят, ВНЖ аннулируют. Для большей мобильности внутри ЕС есть визы для научных сотрудников, например, они по отдельному параграфу и с меньшими ограничениями (но и со своими недостатками).

Так не нанимают. Если позиция предполагает отсутствие в Германии, на нее не смогут нанять иностранца.