Нам консультант сказала, что при подаче на 90.2 с ИП (без трудового договора) большой процент отказов. Кто-нибудь сталкивался, какие причины отказов указывают?

Нет никаких отказов по этой причине. ИП это один из вариантов подачи, всего два: 1. Трудовой контракт по трудоустройству в компанию, как сотрудник 2. Контракт с заказчиком, как ИП, то есть независимый предприниматель. Консультант просто сам не знает того о чем рассказывает. Поэтому, готовьте пакет документов и спокойно идите на подачу.

По идее, если консультант сказала вам про отказы, то она и о причинах должна была сказать. Больше похоже на запугивание, вам лучше сменить консультанта.