. Кто-нибудь может объяснить логику, почему rub>usd>kzt выгоднее чем rub>kzt?

Потому что курс рубля искусственно поддерживается.

Потому что в первом случае вы на каждый рубль получаете больше тенге, чем во втором.

Конверсионный спред тенге к доллару меньше, чем тенге к рублю. В итоге получается, что с точки зрения тенге, рубль, уже обменянный на доллар, получается чуть более дорогим, чем тот же рубль при его прямом обмене на тенге.