Подскажите пожалуйста, как платить налоги, если работать в Испании по фриланс контракту на зарубежную (Дубай, но это не важно) компанию? Вопроса с легализацией в Испании не стоит - речь именно про уплату налогов.

Если деньги получаете от заказчика прям в Испании, то регистрируете здесь Аутономо и все налоги по этой схеме. Если сможете оформить все, как пассивный доход, получая на счет в Дубае, то можно выйти в другие налоговые ставки по блоку доход с капитала.