Подскажите, пожалуйста, если мы 3 дня жили в гостинице в Казахстане, нам сделали уведомление о прибытии на этот срок, потом поехали в другой город, здесь повторно нужно делать уведомление? И что нужно сделать, чтобы находиться в стране 90 дней?

Повторно сделать уведомление, но при этом срок прибывания в РК будет считаться по дате, которая указана в первом уведомлении.

Да, если вы снимаете квартиру, собственник обязано подать уведомление в миграционку, на основании этого уведомления вы можете находиться в РК 90 дней с момента пересечения границы (первого уведомления с гостиницы)

На каждом новом месте делается новое уведомление на остаточный срок (90 дней с момента пересечения границы)