Когда прилетели в КЗ, заселились в отель, на ресепшене сказали, что сделают уведомление о прибытии. Выяснилось, что не сделали. Как поступить? Жаловаться в миграционную? Делать визаран?

То что Вам не сделали уведомление о прибытии никак на срок вашего 90 дневного нахождения в Казахстане не влияет, то есть никак его не сокращает по действующему закону. Ответственность по закону у того, кто не сделал уведомление. А Визарана в Казахстане нет

В течении трёх дней с момента, Вашего прибытия должны они сделать. При оформлении РВП, в случае смены адреса, можете так и указать, что изначально прибыли такого-то числа, однако отель не сделал первичную регистрацию. На получения Вами РВП, оформление - это не влияет. Просто сам механизм борьбы с недобросовестной принимающей стороной, толком не выработан. Поэтому рекомендую, на стадии оформления РВП проинформировать миграцию (если будете обращаться лично через миграцию).

По какому паспорту заехали ?