Если я въехал из России в Казахстан по заграннику, сейчас хочу в Кыргызстан по паспорту РФ, потом я смогу в РФ вернуться по внутреннему? Или возвращаться только по заграннику?

Так на границе Казахстан/Кыргызстан пограничники смотрят на въездные штампы. Вы уверены что так можно вообще?

Разницы нет, в паспорте же вы, а не дядя с улицы.

В РФ вернуться по любому можно, вы же её гражданин.

Я всё время заезжал по внутреннему, а выезжал по загранке т. к не делал никогда регистрацию и никто ничего никогда не не говорил и регистрацию не спрашивали. Я терялся просто не могли определить когда я заехал.