хотел снять наличку с карты, банкомат деньги не выдал, а транзакция прошла, что делать в таком случае? Звонить им?

Иногда такое бывает, в течение получаса приходит обратно, но зависит от банка который выпустил карту. Обычно сумма морозится, а дальше если банк подтверждает транзацию то списывается, вполне возможно у операции в интернет банке будет какой-то значок что еще обрабатывается. Можно и в свой банк написать на всякий и в банкоматный.