А как лучше и есть ли разница залетать в Киргизию по заграну или по внутреннему?)

В рамках СНГ нет значения какой паспорт предъявить на границе Любой Так было и будет.

Вроде как могут быть траблы с въездом потом в третью страну, если в загране отметки о выезде из РФ не будет. Но это не точно.