Скажите пожалуйста, мы недавно сделали визаран через Кыргызстан, чтобы находиться в Казахстане 90 суток, а не 30, достаточно просто уведомления или обязательно нужна временная регистрация?

Уведомления достаточно.

Главное в первые 3 дня сделать уведомление о прибытии= регистрация.

Граждане стран ЕАЭС (включая Россию) могут легально находиться в Казахстане до 90 дней от даты въезда. Нет никаких 30 дней для граждан стран ЕАЭС.