Гр. Украины, паспорта внутрение. Нужно выехать в Латвию. Возник вопрос - выпустят ли из РФ с внутренними паспортами Украины ?

Выпустят, но один раз, можете не переживать.

В Латвию не пустят, если паспорт не биометрический. У нас в сб высадили девушку с автобуса, сказали нужна виза.

Зависит от того как и когда вы в РФ приехали. Вьезд в ЕС разовый с внутреним паспортом.