Подскажите, пожалуйста, для получения внж в Эстонии мне для жены надо сначала сделать визу С, но там срок пребывания до 90 дней. Это можно сделать в генконсульстве СПб. Как ей потом прожить более 180-200 дней в Эстонии, чтобы получить внж?

Вид на жительство надо жене сразу.

Здесь много зависит от нескольких факторов... Проживаете ли Вы постоянно в Эстонии и имеете ли постоянный доход? Супруга Ваша имела ли раньше визы шенген? ВНЖ делают два месяца и ещё месяц делают Id карту. Возможно, если Вы с супругой живете в Эстонии сейчас постоянно, то у Вас этот процесс займёт меньше времени. Сейчас в СПБ нет консульства Эстонии. Точнее на визу подают через визовый центр и документы отправляют в Посольство в Москву. Как показывает практика визу С делают 3 недели.