Подскажите, почетное консульство России в Лимасоле может заверять доверенности, или только посольство в Никосии?

Насколько подсказывает практика, использования консульства для таких вещей, то лучше звонить и уточнять) и делают они это крайне неохотно)

Только консульство, в Никосии.