Как правильно подать заявление об открытии мультивалютного счета за рубежом? Просто в 1 заявлении указать главный счет и все валюты? Или подать столько заявлений сколько валют?

По опыту знакомых, если есть 3 валюты три уведомления.

Мультивалютный счёт - это несколько отдельных счетов, которые у вас просто в приложении красиво отображаются в виде одного мультивалютного счета. По закону, вы должны уведомлять об открытии каждого счета.

А что в первом варианте будет главным счётом?

Лучше никак.