Могу ли я подать на национальную визу германии как поздний переселенец находясь в ЕС? Или надо обязательно ехать по месту регистрации в РФ?

Вроде как страной исхода должен быть именно постСССР, а ЕС не прокатит.

Абсолютно точно не можете. Только страны бывшего СССР, за исключением Латвии, Литвы, Эстонии. Но вам и менять страну интересов нельзя. То есть, если вы долго живете по рабочей визе, ВНЖ, тп., не в стране исхода или ex-СССР, то теряете право заявляться как Spaetaussiedler.