У меня рейс Алматы-Сеул-Шанхай. Нужно получить зеленый код в Алматы и по нему меня пропустят в корее? Там на несколько дней можно не оставаться?

Теоретически это так, но лучше уточните в посольстве КНР в Казахстане, позвоните им. Тут описывали много случаев пути с пересадками, когда в промежуточных пунктах приходилось делать пцр.