подскажите, пожалуйста! Может кто-то сталкивался с такой проблемой. Если утерян загранпаспорт, в котором была виза литвы D, её заново нужно будет получать?

Признав документ недействительным, соответственно визы тоже будут аннулированы. Если у вас не РФ паспорт, то возможно намного быстрее этот процесс сделать на родине, тк через посольство это достаточно дорого и только паспорт делают около 6 месяцев, ещё есть огромная вероятность, что откажут в нахождении в стране такое продолжительное время. Проще сразу попросить выдать разрешение на возвращение на родину.