Если я прилетаю из Италии в Таллинн, потом сразу через 2 часа на Люкс Экспресс и еду в Санкт-Петербург, на границе у эстонцев не будет проблем? Свободно пропускают ?

Гражд рф домой пропускают, у себя не задерживают.

Не будет проблем при условии: - непревышения срока непрерывного нахождения в Шенгене, - недопущения административных и прочих, более серьезных нарушений. Может быть - даже пожелают доброго пути.